W Instytucie Cybernetycznym w Tsukuba w Japonii naukowcy pracują nad najdoskonalszym tworem myśli technicznej jaki kiedykolwiek pojawił się na ziemi - Mechagodzillą. Jest to śmiercionośna maszyna, elektroniczny potwór, niezwyciężona forteca zbudowana na podobieństwo Godzilli. W tym samym...
Nad Tokio pojawia się olbrzymie UFO - wehikuł czasu z XXIII stulecia. Jego pasażerowie pozostawiają na atolu Bikini trzy małe zwierzątka. Mutacje spowodowane wybuchem bomby wodorowej zmieniają je w wielkiego trójgłowego potwora, zwanego Król Ghidorah. Przybysze z przyszłości żądają...
Japońskie wojsko podejmuje "Projekt T" mający na celu przejęcie kontroli nad Godzillą z pomocą specjalistów od telepatii. Projekt kończy się fiaskiem, tak więc według nowego planu Godzilla ma zostać zlikwidowany przez robota - MOGUERĘ. Pojawia się jednak problem - z kosmosu przybywa...
