Królestwo Seatopii wysyła na powierzchnię Ziemi Megalona i Gigana, by zniszczyli ludzkość. Godzilla przy pomocy skonstruowanego przez naukowców robota podejmuje walkę z agresorami.
To była pierwsza ekologiczna Godzilla. Tym razem z ścieków i innych zanieczyszczeń rodzi się Hedora. Potwór ten żywi się zanieczyszczeniami i dymem, przy których obrasta w siłę. Decyduje się on zniszczyć Japonię. Na ratunek przybywa Godzilla, ale sama nie jest w stanie dać sobie rady...