Akcja filmu rozgrywa się w 1944 roku w odosobnionym klasztorze św. Augustyna na szkockiej wyspie. Podczas burzliwej nocy na progu klasztoru pojawia się niemowlę w koszu. Zakonnice, mimo niepewności, decydują się zaopiekować dzieckiem. Wkrótce jednak zaczynają doświadczać dziwnych i...
Dziewięcioletnia dziewczynka znika bez śladu, a następnie zostaje odnaleziona martwa. Film „Alyssa. Nastoletnia morderczyni” szczegółowo przedstawia kolejne wydarzenia prowadzące do śmierci niewinnej dziewczynki, a także stara się znaleźć odpowiedź na pytanie: dlaczego do tego...