Bohaterką filmu jest Mei Lee, pewna siebie, choć trochę niezgrabna 13-latka, która przestaje być posłuszną córeczką mamusi i wkracza w burzliwy okres dorastania. Jej nadopiekuńcza matka, Ming, stara się nie odstępować córki – co Mei Lee nie jest na rękę. Zmienia się ciało...
Niedaleka przyszłość. Populacja mutantów skurczyła do kilku osobników. Zmęczony życiem Logan (Hugh Jackman) opiekuje się schorowanym Profesorem X (Patrick Stewart) w kryjówce przy granicy meksykańskiej. Pewnego dnia nieznajoma prosi by zaopiekował się Laurą (Dafne Keen) - młodą...
Ciemność zapanowała w Nowym Jorku, bo Shredder i jego Klan Stopy trzymają wszystkich w ryzach - od policji po polityków. Przyszłość wygląda ponuro, gdy nagle spod ziemi wyrastają czterej niezwykli bracia - Wojownicze Żółwie Ninja. Muszą współpracować z dziennikarką April O'Neil...
