Apocalypse (Oscar Isaac) to pierwszy i najpotężniejszy mutant z uniwersum X-Men, którego od zarania cywilizacji czczono niczym boga. Apocalypse przejął moce wielu innych mutantów, co czyni go nieśmiertelnym i niepokonanym. Gdy budzi się do życia po wielu tysiącach lat, postanawia podbić...
Na skutek serii niewyjaśnionych zjawisk Księżyc wypada ze swojej orbity i obiera kurs kolizyjny z Ziemią. Jeśli dojdzie do zderzenia, nasza planeta ulegnie zagładzie. Była astronautka Jo Fowler jest przekonana, że przyczyną tego zjawiska jest działanie pewnej tajemniczej siły o niejasnym...