Pebbles i Bamm-Bamm są już po ślubie, przeprowadzili się do Hollyrock. Kiedy ogłaszają, że wkrótce na świecie pojawią się bliźniaki, obydwie rodziny, Flintstonów i Rubblesów postanawiają wspólnie się spotkać. Podczas gdy Betty i Wilma przygotowują się do spotkania, Fred i Barney...
W trakcie zwiedzania słynnej Świerkowej Gęsi – muzealnego samolotu – miś Yogi i jego przyjaciele zostają zatrzaśnięci na pokładzie. Nagle maszyna wzbija się w powietrze… Podczas lotu pasażerowie dowiadują się o więzionych zwierzętach – chcą natychmiast podążyć im z pomocą.
Rok 1880. Rudowłosa lekarka Julia Winslow Garth (Greer Garson) opuszcza Boston w poszukiwaniu lepszego życia. Kobieta zabiera ze sobą najnowsze wynalazki medycyny, takie jak stetoskop i... nowe teorie dotyczące walki z chorobami. Garth udaje się do Santa Fe, gdzie otwiera małą przychodnię....
Akcja filmu rozpoczyna się kiedy Flintstonowie i Rubblowie wygrywają w teleturnieju wóz albo przewóz na romantyczną wycieczkę do zamku hrabiego Rockuli w Rocksylvanii. Legenda głosi, że hrabia Rockula stworzył potwora - Frankenstone'a, aby odstraszać wilkołaki. Niestety, nie widziano go...
