Oparta na faktach, „Colonia” opowiada historię Leny i Daniela – pary młodych uwikłanych w wojskowy przewrót w Chile w 1973 roku. Daniel zostaje uprowadzony przez tajną policję Pinocheta, po długich poszukiwaniach Lena lokalizuje go w zastrzeżonej placówce na południu kraju, zwanym...
Damien (Damien Bonnard) i Leila (Leila Bekhti) są zgodnym małżeństwem. On osiąga sukcesy jako artysta, ona zaś zajmuje się restaurowaniem mebli. Wychowują syna Amine'a (Gabriel Merz Chammah), który bardzo lubi zachowanie impulsywnego ojca. Nie ma pojęcia, że Damien jest dwubiegunowy....