Akcja filmu rozpoczyna się w momencie, w którym kończy się jego poprzednik - po wielkiej bitwie z Khanem, Enterprise powraca do doków w celu dokonania napraw. Tymczasem, gdy Kirk i jego załoga opłakują śmierć Spocka, pojawia się Sarek - ojciec Spocka, który domaga się, aby ciało jego...
Podczas rutynowego lotu, dwóch astronautów napotyka w okolicy Księżyca dryfujący statek kosmiczny obcego pochodzenia. Znajdują tam tajemniczy artefakt, który postanawiają zabrać na ziemię. Znalezisko okazuje się być pozaziemskim robotem, który potrafi wykorzystywać elementy otoczenia...
Imperium Klingonów doznaje poważnego ciosu podczas eksplozji kopalni na jednym ze swoich księżyców. W rezultacie klingoni chcą podpisania pokoju z federacją. Kapitan Kirk ma wyruszyć w swą ostatnią misję i przyjąć ambasadora. Niestety wkrótce po przyjęciu na Enterprise, ambasador...
