Film opowiada o historii małego chłopca - Miguela, który próbuje rozwiązać pewną tajemnicę rodzinną. Za sprawą nieoczekiwanych wydarzeń dochodzi do spotkania chłopca i rodziny, żywej jak i martwej.
„Z wiatrem” to osadzona w świecie magicznego realizmu historia babci i wnuka uwięzionych w bezkresnej otchłani. Zbierają wirujące wokół nich przeróżne obiekty, by zbudować z nich maszynę, którą uciekną do lepszego życia.