Ciemność zapanowała w Nowym Jorku, bo Shredder i jego Klan Stopy trzymają wszystkich w ryzach - od policji po polityków. Przyszłość wygląda ponuro, gdy nagle spod ziemi wyrastają czterej niezwykli bracia - Wojownicze Żółwie Ninja. Muszą współpracować z dziennikarką April O'Neil...
Film opowiada historię szpiega na światowym poziomie, w którego rolę wciela się Henry Cavill, cierpiącego na amnezję. Zostaje on oszukany, aby uwierzył, że jest znanym pisarzem thrillerów szpiegowskich. Kiedy jego wspomnienia i umiejętności powracają, wyrusza w misję zemsty na swoją...
Nastoletnia Beatrice Prior w imię miłości porzuciła uporządkowany świat i teraz, naznaczona piętnem Niezgodnej, musi zmagać się z konsekwencjami swojej decyzji. Podjęta przez nią walka może mieć wpływ nie tylko na jej osobistą przyszłość, ale także wstrząsnąć posadami...
