Denji pracował dla yakuzy jako łowca demonów, próbując spłacić odziedziczony po rodzicach dług. Gangsterzy dopuścili się jednak zdrady i zlecili jego zabójstwo. Tracący przytomność Denji zawarł układ z Pochitą, ukochanym pieskiem-demonem, który uratował mu życie. W ten sposób...
Czwarty i ostatni film tetralogii. Misato i WILLIE – grupa sprzeciwiająca się działaniom NERV-u – docierają do obecnie czerwonego Paryża. Załoga statku Wunder ląduje na wieży bezpieczeństwa i ma zaledwie 720 sekund na uratowanie miasta. Gdy pojawia się rój Evangelionów NERV-u, Mari...
Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE.
Po 14 latach Shinji budzi się na pokładzie AAA Wunder należącego do wrogiej NERV-owi organizacji założonej przez byłych członków NERV-u. Shinji słyszy głos Rei dochodzący z przesłanej mu na ratunek EVY-09 i udaje się do NERV-u. Kaworu Nagisa pokazuje Shinjiemu zmienioną ziemię....
Z okazji 20-lecia działalności scenicznej Hikaru Utada wychodzi na scenę w Makuhari Messe, dając finałowy koncert w ramach trasy Laughter in the Dark Tour.
