Akcja filmu rozpoczyna się w momencie, w którym kończy się jego poprzednik - po wielkiej bitwie z Khanem, Enterprise powraca do doków w celu dokonania napraw. Tymczasem, gdy Kirk i jego załoga opłakują śmierć Spocka, pojawia się Sarek - ojciec Spocka, który domaga się, aby ciało jego...
Tytułowa Cleopatra Jones jest agentką do spraw zwalczania przemytu narkotyków. Jest wyjątkowo skuteczna w swej pracy, staje na drodze Mamuśce, która w światku przestępczym jest niezwykle wpływową osobą. Mamuśka postanawia zemścić się na Cleopatrze.
