To była pierwsza ekologiczna Godzilla. Tym razem z ścieków i innych zanieczyszczeń rodzi się Hedora. Potwór ten żywi się zanieczyszczeniami i dymem, przy których obrasta w siłę. Decyduje się on zniszczyć Japonię. Na ratunek przybywa Godzilla, ale sama nie jest w stanie dać sobie rady...
W Ziemię uderza meteor, który budzi Godzillę i uwalnia uwięzioną pośród arktycznych lodowców larwę Battry. Mothra staje do walki z dwoma potworami, by ocalić Japonię.