Kontynuacja przeboju kinowego z 2014 roku. Teraz bohaterowie muszą powrócić, by uratować miasto przed niebezpiecznym zagrożeniem. Raphael, Splinter, Donatello i Michelangelo muszą walczyć jeszcze z większymi i gorszymi złoczyńcami, którzy pod przywództwem Shreddera chcą zrealizować...
Po brutalnej strzelaninie w małym miasteczku napastnik zbiega z miejsca zdarzenia i ucieka przed policją. Niedługo potem znajduje go Wesley , 10-letni głuchy chłopiec, który postanawia pomóc przestępcy, ukrywając go w opuszczonej stodole należącej do jego rodziny.
