Dwa lata po rozwiązaniu Mystery Inc., wymuszonym różnicą charakteru wspólników, Scooby-Doo i jego przyjaciele zostają wezwani na Wyspę Strachów, gdzie mają zbadać serię paranormalnych wydarzeń.
Wyrównanie rachunków to opowieść o nowym początku i o próbie wyjścia na prostą. Tego właśnie chce Barry Wirth (w tej roli Sam Worthington znany z The Great Raid i Dirty Deeds), który niedawno skończył odsiadywać wyrok. Już wkrótce on, jego przyjaciel Johnny “Spit” Spitieri oraz...