Akcja Blade of the 47 Ronin rozgrywa się po 300 latach od poprzedniej części. W Budapeszcie odbywa się spotkanie pięciu klanów samurajów. Oprócz męskich przywódców, w zgromadzeniu biorą udział także trzy Onna Bugeisha, czyli wojowniczki, których obecność na zebraniu jest negowana....
Nowo utworzony zespół Global Response & Intelligence Team – czyli G.R.I.T. - dowodzony przez pułkownika Stone'a, musi podróżować po całym świecie na Maltę, zinfiltrować kult terrorystyczny i wyeliminować jego przywódcę.
