Dwie dziewczynki, Mei i Satsuki, wraz z ojcem i zmagającą się z ciężką chorobą mamą przeprowadzają się na wieś, do opuszczonego, nieco tajemniczego domu. Szybko odkrywają, że spokojna sielska okolica przepełniona jest magią. Najpierw siostry spotykają mieszkające w ich domu...
W niedalekiej przyszłości w Tokio przypadkowy student inżynierii, Kouji Sugimoto, znajduje się w niewłaściwym miejscu i niewłaściwym czasie. W wyniku absurdalnego zbiegu okoliczności w jego ręce trafia zaawansowany, wojskowy egzoszkielet bojowy MADOX-01.
Przyszłość, w systemie słonecznym wybucha wojna, w której walczą ze sobą Ziemianie i koloniści. Zaledwie po tygodniu walk ginie połowa ludzkości. Jedyna szansa na ocalenie Ziemi przed podbiciem tkwi w tajnym projekcie V, który realizowany jest w bazie w kolonii Side 7. Naukowcy tam...
Statek federacji z prototypem nowego modelu "mobile suite'a" bezpiecznie dotarł na Ziemię. Niestety, po wylądowaniu okazuje się, że znalazł się w samym centrum wrogiego terytorium. Amuro Ray ponownie zmuszony zostaje do podjęcia walki z wrogiem. Tym razem jego przeciwnikiem będą nie tylko...
