Godzilla wpada do krateru Mihara. Jakiś czas później w bliskowchodnim kraju, Sarazji w laboratorium instytutu inżynierii genetycznej wybucha bomba. W tej eksplozji ginie Erika - jedyna córka znanego japońskiego naukowca, dr Shiragami - przechowywane zaś w tym laboratorium komórki ciała...
Nad Tokio pojawia się olbrzymie UFO - wehikuł czasu z XXIII stulecia. Jego pasażerowie pozostawiają na atolu Bikini trzy małe zwierzątka. Mutacje spowodowane wybuchem bomby wodorowej zmieniają je w wielkiego trójgłowego potwora, zwanego Król Ghidorah. Przybysze z przyszłości żądają...
