W Gotham szykują się jednak wielkie zmiany. Jeśli Batman chce uratować miasto przed zakusami Jokera, musi porzucić swoją samotnię i spróbować współpracy z innymi, a przy okazji być może przyjąć bardziej pozytywną postawę.
Elitarna jednostka wojskowa znana jako G.I. JOE przemierza góry Azji Środkowej, pustynie Egiptu, zatłoczone ulice Paryża, a nawet lodową pokrywę Bieguna Północnego, aby unieszkodliwić podstępnego handlarza bronią DESTRO, stawić czoła rosnącemu zagrożeniu ze strony tajemniczej...