Przeszłość Akito zostaje ujawniona, a jego więź z Leilą pogłębia się. Dochodzi do dramatycznych starć, zarówno fizycznych, jak i emocjonalnych. W tle rozwija się intryga, która może zmienić losy wojny.
W powoli jednoczącym się po wielkiej wojnie świecie, trójka strażników pokoju (znana z poprzedniej części wojowniczka i jej kompan cyborg oraz ich nowy towarzysz w postaci zmodyfikowanego klona z DNA cyborga) stawia czoła zbrodniczemu planowi szaleńca, wierzącego w uratowanie ludzkości...
W punkcie kulminacyjnym Wojen Eve, 24 grudnia AC 195 roku, armie Narodu Świata i Białego Kła spotkały się w zaciekłej bitwie. Lider Narodu Świata Treize Khushrenada został zabity, przywódca Białego Kła Zechs Merquise zniknął, a Ziemia została uratowana przed zniszczeniem dzięki...
W niedalekiej przyszłości w Tokio przypadkowy student inżynierii, Kouji Sugimoto, znajduje się w niewłaściwym miejscu i niewłaściwym czasie. W wyniku absurdalnego zbiegu okoliczności w jego ręce trafia zaawansowany, wojskowy egzoszkielet bojowy MADOX-01.
