Po 14 latach Shinji budzi się na pokładzie AAA Wunder należącego do wrogiej NERV-owi organizacji założonej przez byłych członków NERV-u. Shinji słyszy głos Rei dochodzący z przesłanej mu na ratunek EVY-09 i udaje się do NERV-u. Kaworu Nagisa pokazuje Shinjiemu zmienioną ziemię....
W niedalekiej przyszłości w Tokio przypadkowy student inżynierii, Kouji Sugimoto, znajduje się w niewłaściwym miejscu i niewłaściwym czasie. W wyniku absurdalnego zbiegu okoliczności w jego ręce trafia zaawansowany, wojskowy egzoszkielet bojowy MADOX-01.
Przez świat przetoczyła się nuklearna wojna, która doprowadziła Ziemię do ruiny. Po 50 latach zostały tylko dwa potężne mocarstwa, które toczą ze sobą walki o pozostałe terytoria. Wojny rozstrzygane są w inny niż do tej pory sposób - poprzez starcia robotów sterowanych przez...
