Żółwie Ninja ruszają na ratunek swojej przyjaciółce, April, która nieumyślnie przeniosła się w czasie do siedemnastowiecznej Japonii, ogarniętej wojną partyzantów z feudalną władzą.
Snake Eyes zostaje przyjęty do starożytnego japońskiego klanu zwanego Arashikage po uratowaniu życia ich następcy. Po przybyciu do Japonii Arashikage uczy Snake jak zostać wojownikiem ninja, zapewniając jednocześnie coś, za czym tęsknił: dom. Ale kiedy tajemnice z jego przeszłości...
Film jest oparty na historii życia Ishikawy Goemona, legendarnego XVI wiecznego wojownika ninja i bandyty, który kradł kosztowności by dawać je biednym. Mało jest historycznych informacji na temat życia Goemona, zatem stał się on folklorystycznym bohaterem, którego pochodzenie jest...