Joe Armstrong (Michael Dudikoff) stacjonuje w bazie na Filipinach. Pewnego dnia jego oddział eskortuje konwój z zaopatrzeniem dla bazy. Razem z nimi podróżuje córka szefa jednostki, Patricia (Judie Aronson). Żołnierze zostają zaatakowani przez wojowników Ninja. Joe, który w dzieciństwie...
Jack (Alexander Lo Rei) i Charlie (Philip So Yuen-Fung) zostają wplątani w wojnę pomiędzy chińską i japońską mafią mającą miejsce w Szanghaju. Przyłączywszy się do swoich rodaków muszą stawić czoła ninja i nasłanym przez Japończyków płatnym mordercom.
Żółwie Ninja ruszają na ratunek swojej przyjaciółce, April, która nieumyślnie przeniosła się w czasie do siedemnastowiecznej Japonii, ogarniętej wojną partyzantów z feudalną władzą.
