W Europie ogarniętej wojną oddział specjalny W-0 pod dowództwem Leili Malcal zostaje wysłany na samobójczą misję za linię wroga. Wśród żołnierzy znajduje się tajemniczy Akito Hyuga, który wykazuje nadludzkie zdolności w walce. Atmosfera jest napięta, a lojalność żołnierzy...
Piętnaście lat po Drugim Uderzeniu zobojętniały nastolatek Shinji dołącza do grupy swojego ojca, by walczyć z aniołami. Wszystkich może jednak zniszczyć prawda.
Kosmici próbują przejąć kontrolę nad Ziemią. W razie gdyby Godzilla miał się im przeciwstawić budują mechaniczną wersję stwora - Mechagodzillę. Ludzie wzywają legendarnego Seesara by pomógł Godzilli w walce.
Przyszłość. Grupa bandytów pod przywództwem Wa-Lee, przejmuje kontrolę nad ostatnim, gigantycznym robotem MRAS-2. Wykorzystując maszynę Wa próbuje rozpętać wojnę z Eastern Alliance. Jedyną nadzieją na uniknięcie konfliktu jest zniszczenie MRAS-2, czego dokonać może jedynie inny...
Królestwo Seatopii wysyła na powierzchnię Ziemi Megalona i Gigana, by zniszczyli ludzkość. Godzilla przy pomocy skonstruowanego przez naukowców robota podejmuje walkę z agresorami.
Kulminacja serii. Bohaterowie muszą podjąć ostateczne decyzje, które zadecydują o ich przyszłości i przyszłości Europy. Emocjonujące zakończenie przynosi odpowiedzi na wiele pytań i zamyka historię Akito i Leili.
Zła czarownica Morgana i jej syn Mordred powracają z wieloletniego wygnania do współczesnego świata. Ich celem jest zdobycie nieograniczonej władzy. Potomkowie króla Artura i jego rycerzy stają do walki w obronie ludzkości.
