Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE.
Piętnaście lat po Drugim Uderzeniu zobojętniały nastolatek Shinji dołącza do grupy swojego ojca, by walczyć z aniołami. Wszystkich może jednak zniszczyć prawda.
Przez świat przetoczyła się nuklearna wojna, która doprowadziła Ziemię do ruiny. Po 50 latach zostały tylko dwa potężne mocarstwa, które toczą ze sobą walki o pozostałe terytoria. Wojny rozstrzygane są w inny niż do tej pory sposób - poprzez starcia robotów sterowanych przez...