Druga odsłona sagi o Planecie Małp zaczyna się dokładnie w momencie zakończenia jej części pierwszej. Taylor wraz z Novą przemierzają terytorium "zakazanej strefy". W tym samym czasie kolejny astronauta - Brent, rozbija się na powierzchni planety. Mężczyzna spotyka jadącą samotnie...
Po powrocie na Ziemię, z udanej pierwszej wyprawy na Marsa, Ross zaczyna zauważać zmiany w swoim samopoczuciu i zachowaniu. Nikt nie podejrzewa, że stał się nosicielem zarodków obcej formy życia, która zmienia go fizycznie i psychicznie. Wkrótce Ross staje się siejącym śmierć...
Earl Jensen, słynny astronauta, zostaje wysłany w kolejną samotną misję kosmiczną. Niestety, wkrótce po starcie zły doktor Fruber wypuszcza z rakiety całe paliwo. Pozbawiony napędu Jensen dryfuje w nieznane i przepada bez wieści w międzyplanetarnej pustce. Szalony naukowiec jest...
Najsłynniejszy kocio-mysi duet świata mimowolnie bierze udział w misji na czerwoną planetę. Na miejscu Tom i Jerry odkrywają, że Marsjanie naprawdę istnieją i ... chcą zaatakować Ziemię! Odwiecznie skłócona para musi więc się pojednać i razem stawić czoła tak ogromnemu...