Nora, Andreas i kapitan Kris wracają do akcji, gdy przebudza się nowy, niebezpieczny troll — i tym razem będą potrzebować dodatkowej pomocy, aby go pokonać.
Księżniczka Selina jako jedyna ocalała z katastrofy samolotu. Uznana za zmarłą, niespodziewanie dociera do Japonii, gdzie opiekę nad nią powierzono detektywowi Shindo. Księżniczka twierdzi, że pochodzi z Marsa, którego cywilizacja została zniszczona przez potwora Ghidorah. Tymczasem...
Nad Tokio pojawia się olbrzymie UFO - wehikuł czasu z XXIII stulecia. Jego pasażerowie pozostawiają na atolu Bikini trzy małe zwierzątka. Mutacje spowodowane wybuchem bomby wodorowej zmieniają je w wielkiego trójgłowego potwora, zwanego Król Ghidorah. Przybysze z przyszłości żądają...
To była pierwsza ekologiczna Godzilla. Tym razem z ścieków i innych zanieczyszczeń rodzi się Hedora. Potwór ten żywi się zanieczyszczeniami i dymem, przy których obrasta w siłę. Decyduje się on zniszczyć Japonię. Na ratunek przybywa Godzilla, ale sama nie jest w stanie dać sobie rady...
