Film opowiada historię Balto, bezpańskiego psa rasy husky, który w połowie jest wilkiem i jako takiego mieszańca odtrącają go zarówno ludzie, jak i przedstawiciele swojego gatunku. Balto nawiązuje kilka przyjaźni, z gęsią Borisem i dwoma niedźwiedziami polarnymi Mukiem i Lukiem, ale...
Balto został szczęśliwym ojcem i wszystkie szczeniaczki trafiły w dobre ręce. Wszystkie, z wyjątkiem jednej - małej Szarki. Podczas polowania w lesie odkrywa, że nigdy nie zostanie zaakceptowana, tak jak jego bracia i siostry, ponieważ wygląda bardziej na wilka niż na psa. Załamana...
Wasz ulubiony bohater powraca w całkiem nowej przygodzie! Kiedy samolot staje się szybszym sposobem doręczania poczty i towarów do Nome, Balto i jego syn Kodi obawiają się, że technika zagraża przyszłości drużyny psów zaprzęgowych. Po wielu kłótniach zorganizowany zostaje wyścig...
