Lupin, jego pomocnik Jigen i samuraj o imieniu Goemon wyruszają do zamku hrabiego Cagliostro, aby przyjrzeć się prowadzonemu tam procederowi fałszowania pieniędzy.
Po 14 latach Shinji budzi się na pokładzie AAA Wunder należącego do wrogiej NERV-owi organizacji założonej przez byłych członków NERV-u. Shinji słyszy głos Rei dochodzący z przesłanej mu na ratunek EVY-09 i udaje się do NERV-u. Kaworu Nagisa pokazuje Shinjiemu zmienioną ziemię....
Armia Genesectów atakuje miasto New Tork City, w którym właśnie przybywa Ash i jego przyjaciele. Pokemon Mewtwo rusza z odsieczą. Losy New Tork City zależą tylko od tego, czy uda mu się przekonać wroga do opuszczenia miasta.
