Kosmici próbują przejąć kontrolę nad Ziemią. W razie gdyby Godzilla miał się im przeciwstawić budują mechaniczną wersję stwora - Mechagodzillę. Ludzie wzywają legendarnego Seesara by pomógł Godzilli w walce.
Planeta karaluchopodobnych kosmitów umiera. Wysłani, by skolonizować Ziemię, z tajnej kryjówki w parku rozrywki, obcy kontrolują dwa kosmiczne potwory - Gigana i Króla Ghidorę. Z ich pomocą pragną zniszczyć ludzi i przejąć planetę. Powstrzymać ich mogą jedynie połączone siły...
Dziewiąta część przygód Godzilli. W dalekiej przyszłości - roku 1999 - Narody Zjednoczone zdołały złapać i umieścić wszystkie potwory świata na jednej wyspie, by nigdy więcej nie zagroziły ludzkości. Jednak o spokój trudno - źli kosmici znów chcą przejąć władzę nad Ziemią....