"Beethoven 2" opowiada o dalszych losach rodziny państwa Newtonów (Charles Grodin i Bonnie Hunt) i ich ukochanego psiaka. W swej drugiej "symfonii" nasz bohater spotyka piękną Missy, psią damę, w której zakochuje się od pierwszego wejrzenia. Na przeszkodzie ich szczęścia staje jednak...
Molly Mahoney (Natalie Portman) jest niezdarną i niepewną siebie asystentką w najbardziej dziwacznym, fantastycznym i niesamowitym sklepie z zabawkami, sklepie Pana Magorium. Gdy Pan Magorium, (Dustin Hoffman) 243-letni ekscentryk, zapisuje jej cały sklep w posiadanie, tajemnicza siła zaczyna...