Rok 1981. Z amerykańskiego laboratorium zostaje skradziony śmiertelny wirus MM88. Rok później wschodnio-niemiecki naukowiec Krause (Ken Pogue), świadomy zagrożenia jakie niesie MM88, zdobywa próbkę i zamierza przekazać ją w ręce szwajcarskiego specjalisty, który ma stworzyć antidotum....
Film jest adaptacją drugiej ścieżki gry "Fate/stay night". Tym razem główną kobiecą bohaterką zostaje Rin Tohsaka. Poznajemy również tajemnicę przeznaczenia Shirou.
Po zabiciu drugiego możnowładcy i utracie większości towarzyszy, młoda zabójczyni postanawia kontynuować misję. Wiedząc, iż stawką jest pokój, rzuca na szalę własne życie świadoma, iż z tej misji niewielkie ma szanse powrócić żywa. Ostatni z możnowładców - Masayuki Sanada...
