Grupa niedawno zmarłych osób zostaje wskrzeszona i wyposażona w najnowszą broń do walki z potworami. Od ich współpracy zależy przyszłość Tokio i Osaki.
Akcja filmu rozgrywa się w dzielnicy Ikebukuro, w Tokio i skupia się na dwóch przyjaciołach z dzieciństwa. Mio czuje coś do Shina i zawsze myśli o nim, ale nigdy nie była w stanie mu tego powiedzieć. Pewnego dnia wdają się w kłótnię o jakąś błahostkę, Mio jednak decyduje, aby...
Po tym, jak Ziema została zniszczona przez tajemniczą rasę kosmitów o nazwie Gauna, ocalali ludzie postanowili szukać schronienia w kosmosie. Nie mogąc czuć się bezpiecznie, przez tysiąclecia błąkają się we wszechświecie, podróżując na statku międzygalaktycznym o nazwie Sidonia....
