Dwunasty film z serii "Pokemon" opowiadający o pokemonach - stworkach, które posiadają nadzwyczajne umiejętności jak władanie ogniem, elektrycznością, wodą, lodem itp. Po raz kolejny głównym bohaterem zostaje Ash Ketchum - młody trener pokemonów, który wraz ze swoim stworkiem Pikachu...
W dziewiętnastowiecznej feudalnej Japonii, powszechny strach sieje brat shoguna, Matsudaira Naritsugu (Gorô Inagaki). W obawie o kruchy, z trudem latami budowany pokój, lokalne władze postanawiają w tajemnicy pozbyć się Naritsugu. Misja zabicia tyrana, zostaje powierzona doskonale...
Zły i podstępny Kapitan Phantom chce być w posiadaniu pewnego jaja, z którego wkrótce wykluje się legendarny pokemon zwany Księciem Mórz - Manafi. Kiedy jajo trafia w ręce niegodziwca, młody Jackie - Strażnik Pokemon, wykrada niewyklutego stworka. Tymczasem Ash, May, Brock i Max wciąż...
Ash rusza z pomocą uwięzionej matce i córce profesora Hale. Na jego drodze staje Unown, tajemniczy pokemon posiadający moc zamiany myśli w rzeczywistość.
Ash i przyjaciele przybywają do zamku Camaron, gdzie odbywa sie turniej ku czci Strażnika Aury. Ash wygrywając turniej otrzymuje na jeden wieczór historyczne berło które posiadał wiele wieków wcześniej bohater Aaron. Kiedy Ketchum dostaje w dłonie berło budzi Lucario, Pikachu nagle...
Samuraj Hanshiro, który popadł w ruinę, pragnie godnej śmierci i prosi o zgodę na popełnienie rytualnego samobójstwa w Domu Ii, rządzonym przez groźnego Kageyu. Próbując odmówić, Kageyu przypomina tragiczną historię podobnej prośby ze strony młodego ronina Motome. Hanshiro jest...
Leo to młody bokser odnoszący sukcesy, który nie okazuje emocji. Niespodziewana porażka wywołuje szereg problemów, którym musi stawić czoła: narkotyki, skorumpowana policja, Yakuza, płatna zabójczyni i Monica (Sakurako Konishi) - prostytutka na telefon, którą musi uratować. Dla Leo...
Uczeń drugiego roku szkoły średniej, Shun Takahata, żyje zwyczajnym nastoletnim życiem, aż pewnego dnia nagle zmuszony jest wziąć udział w serii gier dla dzieci, takich jak "Daruma-san ga Koronda", gdzie śmierć jest karą za przegraną. Nie wiedząc, kto stoi za tymi grami, nie pozostaje...
Ash i jego przyjaciele poznają mitycznego Pokémona Hoopa, który potrafi przywołać ludzi i rzeczy za pomocą magicznych pierścieni i którego moce należy powstrzymać.