Natsume ponownie balansuje między światem ludzi i yokai, gdy spotkanie z dawną koleżanką Yukii przywołuje bolesne wspomnienia związane z pewnym duchem. Odwiedzając Yorie Tsumurę i jej syna Mukuo, poznaje fragmenty przeszłości Reiko, a ich ciepły dom staje się dla niego chwilowym azylem...